Setelah jatuhnya Akivili, Aeon "Traiblaze", kehendak perintisan diwarisi oleh para pengikutnya, "The Nameless", termasuk Astral Express yang pernah dinaiki Aeon. Tapi seiring dengan terus menyebarnya "Kanker dari Seluruh Dunia", Star Rail tempat Express berjalan juga menjadi korban. Express hampir tidak bisa berjalan sebelum fenomena ini terjadi, cuma bisa terdampar dengan tenang saat jalan sudah terhalang.
Setelah bertahun-tahun, tidak tahu berapa lama, seorang gadis berambut merah bertemu dengan kereta yang ditinggalkan. Terpesona oleh cerita yang tersisa di antara mesin dan Star Rail, dia menghabiskan waktunya mengisi celah, menghaluskan keausan, memulihkan kereta ke atas dan bawah. Jadi, gadis penasaran melangkah ke gerbong kereta dan memulai ekspedisi perintisan untuk mengukur alam semesta.
Astral Express berhenti di stasiun demi stasiun, penumpang juga terburu-buru. Orang-orang terus mengikuti perjalanan kereta, dan juga terus pergi. Pengembara datang dari dunia yang berbeda, membawa masa lalu yang berbeda, dan pergi ke tujuan yang berbeda, tetapi selama mereka berada di kereta, mereka berbagi perjalanan yang sama. Oleh karena itu, bahkan kalau penumpang memiliki pikiran mereka sendiri, kereta dan Himeko tidak keberatan, selama seseorang bersedia untuk pergi ke perjalanan yang aneh bersama-sama, pintu akan dengan terbuka untuk mereka.