세상의 만물은 「존재」의 감옥에 갇혀 육신에 속박되고, 사상에 말려들어 세계의 현상에 눈이 멀었다. 높은 지혜를 가진 생명도 간섭할 수 없다. 물질, 질서, 논리, 생명 등 모든 「진실」의 뒷면에는 일정의 엔트로피를 갖는 「공허」가 있다. 둘은 긴밀하게 결합되어 서로의 균형을 맞추어 온전한 우주를 구축한다.
물질세계가 감지하기 힘든 공허의 그림자에 「제Ⅸ 장치」라고 불리는 신비 파벌이 숨어 있다. 허공의 사람을 주시하면 심연에 숨겨진 어둠의 에너지에 점점 이끌리고, 결국 현실과 공허의 「다크 웹」을 뚫는다고 한다——하지만 전설은 한 번도 증명되지 않았다.
우주에서 가장 유명한 「지니어스」 학자들이 이 미스터리를 해결하려 제Ⅸ 장치에 도전했지만 지금까지 아무런 수확이 없다. 이 조직의 설립 이유는 무엇일까? 사명은? 멤버는 몇 명이고, 어떤 활동을 할까? 심지어… 「제Ⅸ 장치」는 진짜 존재하는 것일까? 답안은 명제 자체만큼 공허하다.