「개척」의 에이언즈 아키비리가 죽은 후, 그의 개척 의지는 추종자 「무명객」이 이어받았다. 그중에는 그가 탑승했던 은하열차도 포함이다. 하지만 「만계의 암」이 퍼지며 열차 은빛 궤도도 그 여파를 피할 수 없었다. 역병이 퍼지기 전부터 전진이 어려웠던 열차는 길이 막히자 조용히 멈출 수밖에 없었다.
오랜 세월이 지나고, 한 붉은 머리 소녀가 황폐한 열차와 만났다. 엔진과 은빛 궤도 사이에 버려진 무언의 이야기에 매료된 그녀는 시간을 들여 틈을 메우고 마모된 곳을 다듬어 열차를 수리했다. 그리고 호기심이 남다른 소녀는 열차 칸에 들어서 우주를 탐사하는 개척 여정을 시작한다.
은하열차는 각 역에 정차한다. 승객들이 바삐 오가며 열차의 여정에 합류하고 또 떠나간다. 각자 다른 세계에서 여행자들은 다른 과거를 짊어지고 다른 종착지로 향하지만, 열차에 있는 그들은 같은 여정을 공유한다. 하여 서로 다른 마음을 품어도, 심지어 그게 나쁜 마음일지라도, 열차와 히메코는 신경 쓰지 않는다. 기묘한 여정에 합류하는 자가 있다면 열차의 문은 항상 열려 있다.